政府直屬機構

• 自治區市場監督管理局
• 自治區廣播電視局
• 自治區統計局
• 自治區機關事務管理局
• 自治區信訪局
• 自治區林業和草原局
• 自治區扶貧開發辦公室
• 自治區人民政府人民防空辦公室
• 自治區地方金融監督管理局

政府部門管理機構

• 自治區糧食和物資儲備局
• 自治區戒毒管理局
• 自治區監獄管理局
• 自治區畜牧獸醫局
• 自治區藥品監督管理局

中央駐疆政府機關

• 新疆煤炭工業管理局（煤礦安全監察局）
• 新疆維吾爾自治區地震局
• 新疆維吾爾自治區郵政局
• 烏魯木齊海關
• 新疆維吾爾自治區稅務局
• 民航烏魯木齊管理局
• 新疆維吾爾自治區通信管理局
• 中國證券監督管理委員會新疆監管局
• 新疆出入境檢驗檢疫局
• 中國人民銀行烏魯木齊中心支行
• 中國銀行業監督管理委員會新疆監管局
• 財政部駐新疆專員辦
• 中國保險監督管理委員會新疆監管局
• 新疆維吾爾自治區氣象局